Границы епархии совпадают с границами Вологодской области.

Кафедральный город - Вологда.

Кафедральный собор - в честь Рождества Пресвятой Богородицы.

Правящий архиерей (с 10 апреля 1993) - архиепископ Максимилиан (Лазаренко).

Епархия разделена на 7 благочиннических округов: Вологодский, Череповецкий, Центральный, Белозерский, Тотемский, Харовский, Великоустюжский.

Активное возрождение церковной жизни на Вологодчине началось в 1988 г., открывались храмы, духовенство стало принимать участие в общественной жизни области. 3 июля Вологодский архиеп. Михаил (Мудьюгин) совершил местное прославление блж. Николая Рынина. 17 июня 1990 г. состоялся общегородской крестный ход. 29 янв. 1991 г. определением Священного Синода возобновилась монашеская жизнь В Спасо-Прилуцком монастыре. В феврале тогo же года вышел в свет 1-й номер епархиальной газеты "Благовестник", издававшейся в 1991-1992 гг. совместно с вологодским отделением Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры. 29 апр. 1988 г. из запасников Вологодского музея-заповедника РПЦ были переданы мощи прп. Феодосия Тотемского, в 1994 г. они были перенесены в Свято-Троицкий храм Тотьмы, в 2003 г. в храм Рождества Христова Тотьмы.

15 октября 1990 г. вышло определение Священного Синода об открытии в Вологде духовного училищa, реорганизованного в 1994 г. К началу XXI в. более половины духовенства епархии являлись выпускниками Вологодского православного духовного училища. В августе 1997 г. вьшускники и учащиеся ставленнического отделения училища совершили миссионерское путешествие по реке Сухоне, за время которого миссионеры окрестили 136 человек. 26 января 1992 г. состоялось открытие первой в епархии воскресной школы при кафедральном соборе, в 2004 г. в епархии действовали 35 воскресных школ.

13 июня 1991 г. из запасников Череповецкого краеведческого музея были возвращены Церкви мощи прмч. Евфросина Синоезерского, ныне почивающие в Казанской церкви в Устюжне. 12 декабря 1991 г. состоялась передача епархии икон и церковной утвари из запасников области краеведческого музея. В марте следующего года было освящено новое здание епархиального управления. В 1992 г. нa территории Вологодской епархии действовало 65 храмов. В августе 1992 г. Вологодскую епархию посетил Патриарх Московский и всея Руси Алехсий II, Первосвятитель побывал в селе Покровском - бывшей усадьбе Брянчаниновых, родине свт. Игнатия.

10 апреля 1993 г. Ha Вологодскую кафедру был назначен еп. Максимилиан (Лазаренко) (с 29 февраля 2004 архиепископ). В управлении епархией архиерею помогают епархиальные комиссии: по миссионерской, антисектантской и антираскольнической деятельности, пo работе с медицинскими учреждениями, по социальному служению, по благотворительности, по пастырской работе в ИТУ, с молодежью, в армии, по религиозному образованию и катехизации, по церковному искусству и реставрации и другие.

В июле 1994 г. крестные ходы прошли в Вологде и Устюжне. В августе Toгo жe года, после 73-летнего перерыва, еп. Максимилиан совершил Божественную литургию в Вологодском Софийском соборе. 14 августа 1996 г. архиерей освятил верхний храм Спасского собора в Спасо-Прилуцком монастыре, в обители открылся епархиальный церковно-археологический музей. В мае 1997 г., накануне 600-летия Кириллова Белозерского монастыря, самая древняя часть обители (Иоанновский Горний монастырь) была возвращёна епархии, 6 октября 1998 г. решением Священного Синода в Кирилловом Белозерском монастыре возобновилась иноческая жизнь. 6 октября 1999 г. решением Священного Синода открыт Воскресенский Горицкий женский монастырь, 26 декабря. 2003 г. Павло-Обнорское подворье Спасо-Прилуцкого монастыря преобразовано и Свято-Троицкий Павло-Обнорский мужской монастырь. 6 марта 2003 г. освящен новопостроенный храм в честь иконы Божий Матери "Всех скорбящих Радость" на территории женской колонии в Вологде. 27 августа 2003 г. заложена часовня на горе Золотуха, близ Кириллова, на месте расстрела сщмч. Варсонофия и прмц. Серафимы.

При храме во имя свт. Николая во Владычной слободе находится епархиальный центр социальной помощи населению, в составе которого - патронажная служба, кабинет медико-социальной помощи престарелым, инвалидам, неимущим, благотворительная трапезная. При церкви в честь Покрова Пресвятой Богородицы нa Торгу действует пункт помощи лицам, страдающим от алкогольной и наркотической зависимости. Заключены соглашения о сотрудничестве между епархией и областным управлением здравоохранения, Комитетом по делам молодежи, Управлением внутренних дел, Управлением Министерства PФ по налогам и сборам по Вологодской области, Управлением исполнения наказаний Минюста PФ по Вологодской области, Вологодским институтом права и экономики Минюста PФ, подписаны совместные заявления о взаимодействии с Вологодской таможней, Управлением Гос. комитета PФ по контролю за оборотом наркотиков пo Вологодской области.

9 сентября 1998 г. были обретены мощи свт. Антония, eп. Вологодского. Крестным ходом они были перенесены в храм свт. Николая во Владычной слободе в Вологде. 21-22 февраля 2000 г. в Лазаревском храме Вологды совершен чин прославления свящ. Александра (Баданина) как местночтимого святого. В 2000-2002 гг. по подготовленным в Вологодской епархии материалам были канонизированы в Соборе новомучеников и исповедников Российских ХХ в. 17 угодников Божиих.

В Вологодской епархии особое внимание уделяется церковно-краеведческой и просветительской работе. Подписаны соглашения о сотрудничестве между епархией и департаментами культуры и образования Вологодской области, Областным детско-юношеским духовно-просветительским центром "Северная Фиваида». В Спасо-Прилуцком монастыре ежегодно проводятся Димитриевские образовательные чтения и областные краеведческие чтения, с 1998 г. - фестиваль церковного пения. В 2000 г. в Вологде прошла Всероссийская церковно-научная конференция «Христианство и культура Русского Севера», организованная с участием Вологодского епархиального управления. В 2001-2004 гг. состоялись научные конференции пo проблемам образования и воспитания, посвященные памятникам церковной археологии и искусства Русского Севера, свт. Игнатию (Брянчанинову). В Великом Устюге проходят Прокопиевские научные чтения, в Ферапонтове - Ферапонтовские чтения, в Череповце - Таисиевские чтения.

На територии епархии действуют следующие монастыри.

Димитриев Прилуцкий в честь Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня (в Вологде, мужской, основан в 1371, упразднен в 1924, возобновлен в 1991);

Кириллов Белозерский в честъ Успения Пресвятой Богородицы (в Кириллове, мужской, основан в 1397, закрыт в 1924, возобновлен в 1998);

Павлов Обнорский во имя св. Троицы (в селе Юношеском Грязовецкого района, мужской, основан в 1414, закрыт в 1924, возобновлен в 2003);

Горицкий в честь Воскресения Господня (в селе Горицы Кирилловского района, женский, основан в 1544, закрыт в 1932, возобновлен в 1999).

К концу 2004 г. в епархии действовали 105 приходов, 95 храмов, 4 монастыря (3 мужских и 1 женский), в клире епархии состояли 113 священнослужителей (82 священника и 31 диакон).