В кафедральном Рождество-Богородицком соборе Вологды находится одна из наиболее почитаемых в Вологде чудотворных икон Божией Матери, "Всех скорбящих Радость", по преданию принадлежавшая св. угличским князьям Димитрию Андреевичу и Иоанну Андреевичу, до 1918 г. находившаяся в домовой церкви тюремного замка.

В кафедральном соборе хранится также чудотворная икона Всемилостивого Спаса (или список с неё), созданная вологодским иконописцем 23 октября 1654 г. для обыденной Всеградской Спасской церкви в благодарность об избавлении Вологды от эпидемии чумы (после закрытия Спасо-Всеградского собора в 1926 икона поступила в вологодскую церквь Кирилла Белозерского в Рощенье, в конце года передана в музей).

В соборе хранится также чудотворная Казанская икона Божией Матери из Никольской Глинковской церкви.

В Спасском соборе Прилуцкой обители с 1996 г. находится список с чудотворного образа прп. Димитрия Прилуцкого (1503).

С 1992 г. в храме в честь Казанской иконы Божией Матери в селе Дунилове Никольского района находилась Дуниловская икона Божией Матери, явившаяся 29 июня 1677 г. жителю Никольской слободки (ныне г. Никольск) Д. Кохалевскому и до 1764 г. находившаяся в Дуниловской Богородицкой пустыни; в авг. 2002 г. образ был похищен.

В 1893 г., по сведениям, предоставленным в Святейший Синод, в епархии находилось 26 почитаемых чудотворных икон, семь из них - в храмах Вологды. Помимо вышеназванных икон почиталась также явленная чудотворная икона Божией Матери «Всех скорбящих Paдость», с 1766 г. хранившаяся в Воскресенском кафедральном соборе, с 1891 г. ежегодно пpeпровождавшаяся с крестным ходом к месту явления - в Богоявленскую церковь в Грязовецком уезде.

В кафедральном соборе почитался также oбраз св. Троицы, написанный, по преданию, свт. Стефаном Пермским («3ырянская Троица»). Икона, прежде находившаяся в Коми крае, была перенесена в Вологду при еп. Арсении (1796-1802), (в настоящее время - вo ВГИАХМЗ).

Многими чудотворениями, в особенности во время эпидемий холеры 1830, 1870 гг., был известен образ Успения Божией Матери из Семигородной Успенской пустыни, приписываемый кисти прп. Дионисия Глушицкого (в настоящее время - вo ВГИАХМЗ), а так же явленная икона Божией Матери "Семистрельная" из церкви св. Иоанна Богослова на реке Тошне близ Вологды (в настоящее время в Лазаревской церкви Вологды). Во время эпидемий или при угрозе их появления с иконами совершались крестные ходы, последний состоялся в 1911 г.

Явленный образ Божией Матери «3намение» (1571) был святыней Иоанно-Предтеченского храма в Дюдиковой пустыни. В честь явления иконы был возведён теплый храм и совершалось ежегодное празднование 2 сентября.