Вологодская и Великоустюжская Епархия Русской Православной Церкви, преемственно связана с учрежденной в 1383 г. Пермской епархией, центром которой являлся Усть-Вым (совр. село Усть-Вымь в Усть-Вымском районе Республики Коми), выделенной из Ростовской и Новгородской епархий.
С 1492 г. Великопермская и Вологодская,
с 1589 г. Вологодская и Великопермская с центром в Вологде,
с 1657 г. Вологодская и Белозерская,
с 1788 г. Вологодская и Великоустюжская,
с 1888 г. Вологодская и Тотемская,
с 1945 г. Вологодская и Череповецкая,
с 1965 г. Вологодская и Великоустюжская.

Территория епархии в кон. XIV – нач. XV веков включала земли Вычегодской (Старой) Перми (по берегам рек Вычегда, Вымь и Сысола; совр. Республика Коми). Во 2-й пол. XV в. в результате деятельности Пермских епископов священномучеников Питирима и Ионы к епархии присоединились земли Великой Перми (по берегам рек Кама, Колва, Вишера; совр. Коми-Пермяцкий автономный округ). После вхождения Новгорода в состав Московского государства (1478) по повелению великого князя Иоанна III в феврале 1492 г. митрополит Зосима и Новгородский архиепископ Геннадий (Гонзов) «придали из митрополии и из архиепископии из Новогородъскиа, церкви свои нa Вологде в городе и нa посаде епископу Пермскому Филофею в Пермскую епископию»; центром Великопермской и Вологодской епархии оставалась Усть-Вымь. В 1571 г. Великопермской кафедре из Новгородской епархии были переданы земли по рекам Вага и Северная Двина, а также Каргополь; в 1584 г. эти территории были включены в состав Митрополичьей (с 1589 Патриаршей) области; в 1613-1617 гг., во время оккупации шведами Великого Новгорода, население двинских волостей, Ваги и Каргополя платило церковные дани и венечный сбор Вологодским архиереям. В кон. XVI - нач. XVII в. (до образования Тобольской епархии в 1620) Вологодские архиереи управляли также сибирскими храмами.

К 40-м гг. XVII в. в состав Вологодской епархии входили Сольвычегодский, Яренский уезды и часть Мезенского уезда, Чердынский, Соликамский и Кайгородский уезды, вотчины бояр Строгановых, Пыскорского Преображенского и Иоанно-Богословского монастырей и Вологда с уездом. В 1647 г. вотчины Строгановых и Пыскорского монастыря поступили в Патриаршую область.

В 1658 г. новоучрежденной Вятской и Великопермской епархии из Вологодской епархии перешли города Великая Пермь,Чердынь и Соль Камская. Взамен Вологодскому архиерею были пожалованы Устюжский и Тотемский уезды, Белозерье, Чарондская округа и Пошехонский уезд, который между тем оставался в составе Вологодской епархии до 1676 г., затем был возвращен Ростовской епархии. Соборным определением 30 июня 1676 г. из Вологодской епархии в Вятскую епархию был передан Яренский у. с Усть-Вымью. В 1682 г. часть территории Вологодской епархии отошла новоучрежденной Великоустюжской eпapxии, первоначально включавшей Устюжский, Сольвычегодский, Тотемский уезды и часть Никольского, впоследствие к ней был присоединен Яренский уезд с Усть-Вымью. В марте 1682 г. новоучреждённой Холмогорской и Важской епархии отошли Вельский уезд и северная часть Тотемского уезда (возвращены Вологодской кафедре в 1788), В 1749 г. в Костромскую епархию был включен Никольский уезд, в 1788 г. возвращенный Вологодскому архиерею.

В 1780 г. было создано Вологодское наместничество, в 1796 г. преобразованное в губернию (в её состав вошли Вологда, Вельск, Тотьма, Грязовец, Кадников, Устюг Великий, Сольвычегодск, Лальск, Никольск, Красноборск, Усть-Сысольск, Яренск с уездами). В последнии десятилетия XVIII в. границы епархий были приведены в соответствие с границами губерний. Ряд территорий Вологодской епархии , оказавшихся в Костромской, Тверской, Новгородской, Архангельской губерниях, перешли соответствующим епархиям, в частности города Белозерск, Кириллов, Череповец с уездами были возвращены Новгородской кафедре. В 1788 г. упраздненная Великоустюжская епархия вместе с зырянскими землями присоединилась к Вологодской епархии. Таким образом определились границы Вологодской епархии в пределак Вологодского, Грязовецкого, Кадниковского, Тотемского, Никольского, Вельского, Устюжского, Сольвычегодского, Яренского и Усть-Сысольского уездов, сохранявшиеся до 1918 г. В 1900 г. Вологодской епархия занимала территорию площадью 354 тыс. кв. верст. Ha рубеже 1918-1919 гг. в связи с образованием Северо-Двинской губернии из Вологодской епархии была выделена Великоустюжская епархия (существовала до 1937).

Современные границы епархии оформились в 1937 г., после образования Вологодской обл. В результате приведения в соответствие границ епархии с границами области территория епархии уменьшилась более чем вдвое в сравнении с территориями нач. ХХ в. (значительные территории бывшей Вологодской епархии входят в состав современных Сыктывкарской, Вятской, Архангельской, Костромской епархий), одновременио к Вологодской епархии были присоединены некоторые земли Новгородской и Олонецкой (ныне Петрозаводской)епархий.