В 1918-1919 гг. в Вологде были закрыты все домовые церкви (за исключением крестовой церкви при архиерейском доме) и городские монастыри, в большинстие монастырских храмов, ставших приходскими, богослужения совершались до конца 20-х гг. В 1918 г. прекратились занятия в Вологодской Духовной Семинарии, духовном училище и епархиальном женском училище, в том же году в Вологде были учреждены пастырско-богословские курсы для студентов старших курсов упразднённой семинарии, которые действовали в начале 20-х гг. В 1919 г. епархиальный совет направил в Вологодский губисполком ходатайство о разрешении преподавания 3акона Божия не только в храмах, но и в наёмных помещениях пo желанию приходских общин, ходатайство было отклонено. В 1921-1924 гг. в Вологде действовали пастырская школа для подготовки кандидатов нa принятие священного сана. С осени 1922 до сер. 20-х гг. в Вологде действовало православное женское училище для подготовки к «служению в церкви Божией в качестве руководительниц церковного пения (хорового и народного) в приходах, особых ревнительниц чистоты, порядка и благолепия в храмовых помещениях, активных сотрудниц в миссионерской и благотворительной работе на местах и воспитательниц в своих семействах». Попытка возобновить деятельность духовной школы или организовать богословские курсы, предпринятая в 1928 г., окончилась безуспешно.

В 1919 г. развернулась кампания по вскрытию мощей, натолкнувшаяся на сопротивление верующих. В апреле при исполнении постановления Вельского исполкома увезти вскрытые 7 марта мощи прп. Прокопия Устюжского в Вологду "населением было оказано сопротивление, выразившееся в избиении коммунистов", св. мощи были оставлены нa месте. 15 июня произошел конфликт верующих с властями в Новоезерском Воскресенском монастыре. В мае 1920 г. собрание православных приходов добилось от властей разрешения поместить мощи прп. Феодосия Тотемского, вынесенные из Спасо-Суморина монастыря, и одном из городских храмов.

В 1921-1922 гг. вологодское духовенство активно включилось в сбор средств в пользу голодающих в Поволжье. В 1921 г. проходили сборы в храмах, в феврале 1922 г. состоялись два духовных концерта в пользу голодающих. Однако это нe помешало властям провести в губернии массовое изъятие церковных ценностей.

Из храмов Вологды с 17 марта пo 1 июня 1922 г. было изъято 3 фунта 85 золотников 42 доли золота, 110 пудов 4 фунта 91 золотник 27 долей серебра, 2 фунта жемчуга россыпью, 1 пуд 2 золотника 10 долей жемчуга в шитье, 5269 драгоценных камней, из них 1165 бриллиантов, 586 алмазов, 363 рубина.

Из храмов Вологодской губернии было изъято 4 фунта 42 золотника золота, 393 пуда 20 фунтов серебра, 5 фунтов 86 золотников серебра с жемчугом, 5003 драгоценных камня, 4 фунта 21 золотник жемчуга, 29 фунтов 10 золотников жемчуга в шитье.

В 1921 г. Вологодский eп. свщмч. Александр (Трапицин) под давлением властей и агитаторов обновленского толка вынужден был уйти нa покой, в 1923 г. он был арестован и сослан. Кафедру занял eп. Александр (Надеждин), в ноябре 1922 г. присоединившийся к обновленчеству. Обновленцы захватили Софийский собор, 1 августа 1922 г. открыли епархиальное управление, в 1922-1923 гг. издавали в Вологде журнал. Приходы, сохранившие верность Патриарху св. Тихону, перешли под временное управление викарного Вельского eп. сщмч. Николая (Караулова).

29 марта 1925 г. состоялось собрание вологодского духовенства и мирян, верных канонической Церкви, на котором Вологодским архиепископом был избран Сильвестр (Братановский), управлявший Вологодской епархией до 1928 г. После перевода архиепископа Сильвестра нa Калужскую кафедру Вологодскую епархию возглавил архиепископ Амвросий (Смирнов), арестованный в 1931 г. С этого времени епархией в течение двух лет управлял Кронштадтский eп. Венедикт (Плотников; 4 апреля 1933 возведён в сан архиепископа, 16 июня назначен архиепископом Вологодским, через четыре месяца переведен в Новгородскую епархию). Последний предвоенный Вологодский еп. Георгий епархией фактически нe управлял, в сентябре 1940 г. был уволен нa покой. До 1945 г. Вологодсках кафедра не замещалась.

В 1923 г. в Вологде была зарегистрирована 41 община. Вскоре началась масштабная кампания по закрытию храмов: в начале 1924 г. были закрыты Софийский собор, в котором предполагали устроить филиал антирелигиозного музея, Спасо-Всеградский собор, Иоанно-Предтеченская Рощенская, Никольская Сенноплощадская и Афанасиевская (через некоторое время разрушенная) церкви и еще 12 храмов и 3 часовни. 19 декабря 1924 г. в стенах упраздненного Кириллова Белозерского монастыря был основан Кирилло-Белозерский музей-заповедник. В эти же годы были разрушены первые храмы.

Все религиозные общины Вологды должны были в срочном порядке ремонтировать храмы, в противном случае либо договор нa пользование церковным имуществом расторгался, либо община должна была "добровольно" отказаться от храма. В 1928 г. в Вологде под разными предлогами было закрыто пять церквей, с марта 1929 по март 1930 г.- 32 храма, в 1932-1937 гг. было снесено 6 храмов.

К 1938 г. Патриаршей Церкви принадлежали кладбищенские нижний храм Рождество-Богородицкой церкви и Лазаревский храм, обновленцы служили в Воскресенском соборе, в кладбищенской Введенской церкви, часть которой использовали также григорианцы, и в верхнем храме Рождество-Богородицкой церкви. 5 марта 1938 г. были закрыты обновленческие Воскресенекий собор, Введенская церковь, 2 декабря 1938 г.- холодный храм (2-й этаж) церкви Рождества Богородицы, вскоре и Лазаревская церковь. К 1940 г. в Вологде действовал только храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы.

Вологодская обновленческая епархия входила в состав Северо-3ападного митрополитанского округа. Ее возглавляли: Корнилий Попов (кон. 1922-1923), "архиепископы Вологодские и Кадниковские" Иоанн Миртов (1923-1926), Александр Лавров (1926-1928), Александр Шубин (1927-1930), Павел Громов (1931-1933), Владимир 3лобин (1933-1934),"епископ" Александр Самонов (1934-1938). В обновленческой епархии действовало Тотемское викариатство.

В годы Великой Отечественной войны в органы власти Вологодской области поступали многочисленные просьбы об открытии храмов. В 1942 г. в области открылась одна церковь, в 1943 г. - две, в 1945 г.- три, в 1946 г.- пять церквей. В 1945 г. нa Вологодскую кафедру был назначен архиепископ Иустин (Мальцев). Ha территории епархии действовали 17 храмов. Жизнь в епархии активизировалась в 1949 г., когда Вологодским епископом стал Гавриил (Огородников), укрепивший клир епархии за счет приглашения священнослужителей с высшим духовным или светским образованием и многолетним опытом церковной деятельности. Проводилась планомерная работа пo подбору и направлению молодёжи в духовные семинарии. Учащиеся в духовных семинариях помимо установленной стипендии получали регулярную материальную поддержку. Священнослужители выезжали в села, совершали богослужения, распространяли церковную литературу, организовывали беседы на религиозные темы. В апреле 1956 г. епископ Гавриил через Патриарха ходатайствовал перед Советом по делам Русской Православной Церкви об открытии на территории Вологодской области еще 21 церкви.