В первые годы Смуты (1604-1608), оказавшись в стороне от основнык событий, вологодское духовенство последовательно признавало власть царей Феодора Борисовича Годунова, Лжедмитрия I и Василия Иоанновича Шуйского. В 1607 г. Вологодский архиепископ Иоасаф получил от царя Василия Иоанновича несудимую грамоту на вотчины. В следующем году архиепископ Иоасаф под угрозой расправы был вынужден принести присягу Лжедмитрию II после занятия Вологды войсками самозванца. В ноябре 1608 г. тушинцы были изгнаны из города. По мнению Массы, признание Лжедмитрия II «пошло бы по всей стране, когда бы вологжане зимою следующего года снова не перешли (на сторону Москвы)». 22-25 сентября 1612 г. интервенты ненадолго захватили город, Вологда еще раз была разграблена и сожжена в 1613-1614 гг. войсками атамана Баловня. 1 мая 1614 г. со стороны реки Шексны, волости Череповесь и Белозерского уезда нa территорию Вологодской епархии напали «воры казаки и черкасы», опустошившие волости, гдe находились владения архиерейской кафедры, а также Павло-Обнорский, Корнилиев Комельский и Николо-Катромский монастыри. В 1609-1612 гг. в Великой Перми воевода М. М. Годунов поддерживал царя Василия Шуйского, состоял в переписке с настоятелем Троице-Сергиева монастыpя архимандритом преподобным Дионисием (Зобниновским) и келарем Авраамием (Палицыным), призывавшими к борьбе с интервентами.

В 1623 г. Вологодский архиепископ Корнилий получил от царя Михаила Феодоровича несудимую грамоту нa вотчины. Вологодский архиепископ Варлаам в 1631 г. добился от царя увеличения архиерейских вотчин, в 1634 г. получил на них жалованную и несудимую грамоту в следующем году ои получил две царские грамоты с требованием послать в недавно учреждённую Тобольскую епархию архимандрита или игумена, протопопа, иеромонахов и белых священников; духовенство Вологодской епархии должно было собрать для переселенцев пo 30 или 40 рублей нa человека. Из Вологодской епархии в Тобольск отправились архимандрит Герасим из Спасо-Каменного монастыря, его келейный старец Иона, протопоп Григорий Пототурин, шесть священников и три иеромонаха. Архиепископ Маркелл в 1649 г. свидетельствовал мощи прп. Кирилла Новоезерского, в 1650 г., после пожара в Спасо-Каменном монастыре, переложил в новую раку мощи благоверного князя Иоасафа Каменского. Архиерей установил два крестных хода в Вологде: пo случаю чуда прп. Галактиона о бездождье (1652) и в связи с прекращением эпидемии чумы после постройки обыденной Спасо-Всеградской церкви (1654). Между 1667-1670 гг. по повелению архиепископа Симона были построены арxиерейские палаты с домовой церховью в честъ Рождества Христова, в 1671-1675 гг.- каменная ограда архиерейского двора.

При архиепископе Гаврииле, в 1686-1688 гг., был расписан Софийский собор, в котором устанонили пятиярусный иконостас (1695), по заказу архиерея в Любеке для собора был отлит колокол весом более 460 пудов. В 1684 г. по повелению епископа в Вологде было построено каменное здание богадельни для духовенства В 1696 г. архиепископ Гавриил получил от царя несудимую грамоту о том, что "Софийского дома и домовых всяких чинов людей ведать судом на Москве в Приказе Большого дворца, а на Вологде стольникам и воеводам нe ведать". В 1701 г. в ответ нa требование Петра I архиeпископ Гавриил прислал на Московский пушечный двор более 652 пудов меди (церковных колоколов, собранных пo епархии) и 200 пудов кательной меди из архиерейского дома, за что получил похвальную грамоту. Петр I четыре раза посещал Вологду в период управления епархией архиепископа Гавриила в 1692-1693 гг.- во время поездки нa Кубенское озеро, в июле 1693 г. при проезде в Архангельск, весной 1694 г.- во время поездки на Белое море и в мае 1702 г.- когда направлялся в Архангельск.

В 1613-1617 гг. no указу царя Михаила Феодоровича прошло описание и были составлены дозорные книги вотчинных владений монастырей на территории Вологодской епархии, В 1627-1630 гг. были описаны Первая и 3аозерская половины Вологодского уезда, в которых отмечены Патриаршие, архиепископские и монастырские владения. В 1646 г, по указу царя Алехсея Михайловича была составлена новая переписная книга г. Вологды, Первой и 3аозерской половин Вологодского уезда, где стольником И. И. Бутурлиным и подьячим Е. Ивановым были подробно описаны Патриаршие, монастырские и церковные владения. В 1678 г. стольник П. М. Голохвастов и подьячий И. Саблин no указу царя составили новые переписные книги дворов Вологды, а также сёл, деревень и погостов Патриарших, монастырских и церковных вотчин в ряде волостей Вологодского уезда.

В середине XVII в. в Вологодской епархии существовало более 500 приходских храмов и около 70 монастырей и пустыней. В Вологде действовали 60 храмов (16 в городе, включая Софийский собор, и 44 на посаде), из них 10 каменных, и 5 монастырей. В Вологодском уезде находилось 355 церквей, 37 монастырей и пустыней. Численность белого духовенства составляла oк. 600 человек. В Великой Перми было 22 прихода, действовали 11 монастырей и пустыней. В Старой Перми в сер. XVII в. известны в Сольвычегодском уезде 32 приходских храма, в т. ч. 5 - в Сольвычегодске, и 3 монастыря, в Яренском уезде 50 церквей и 9 монастырей, 2 монастыря действовали в Усть-Сысольском уезде.