В 1885 г. было организовано Вологодское епархиальное православное братство во имя Всемилостивого Спаса, деятельность которого распространялась на пять юго-западных уездов Вологодской епархии. Братство имело в ведении библиотеку, школу иконописи, издавало листок "Церковное слово". В конце XIX в. члены братства включились в пропаганду трезвого образа жизни, с 1901 г. устраивали уличные библиотеки. В 1906 г. братство создало епархиальный книжный склад. При братстве работали Комиссия для собирания и изучения материалов по истории старообрядчества в Вологодском крае и епархиальное древлехранилище, которое открылось в 1896 г., располагалось при архиерейском доме в упраздненной надвратной Воздвиженской церкви. Делами хранилища заведовала постоянная Церковно-археологическая комиссия любителей истории и цревностей. К кон. 1899 г. в древлехранилище находилось 750 предметов - церковные древности, памятники истории, этнографии, археологии, собрание книг и рукописей. Еще одно древлехранилище было создано в 1910 г. при устюжском Михаило-Архангельском монастыре, в нем находились архив бывшего Великоустюжской консистории и духовного правления, архивы Верхомоломской пустыни, Михаило-Архангельского, Гледенского, Спасского Сойгинского, Коряжемского, Николаевского Прилуцкого и других монастырей.

В 1896 г. начало работу Великоустюжское православное Стефано-Прокопиевское братство миссионерской направленности, его деятельность охватывала пять северо-восточных уездов Вологодской епархии. В епархии также действовали приходские братства: Иоанно-Предтеченское при Рогденской церкви в Вологде (с 1894), Деревянское Христорождественское (с 1895), при вологодской Благовещенской церкви (с 1896). В 1917 г. при некоторых храмах создавались кружки и братства ревнителей Православия.

В XIX - нач. ХХ в. в епархии работало значительное число благотворительных организаций. Забота о бедных дуковного звания и сиротах являлась задачей епархиального попечительства о бедных духовного звания,попечительские советы были созданы в каждом благочинническом округе. С 60-х гг. XIX в. в Вологодской епархии создавались многочисленные приходские попечительства и попечительские советы, задачами которых были содействие приходскому духовенству, помощь в хозяйственной деятельности приходов, помощь школам, борьба с нищенством и "вредными" отхожими промыслами, устройство рабочих мест, помощь нуждающимся, борьба с распространением старообрядчества, при приходах устраивались богадельни. В 1900 г. действовали 584 церковноприходских попечительства, в 1910 г. - 640 попечительств.

В 1869 г. при вологодском Успенском женском монастыре открылся приют для девочек. В 1905 г. учреждена Александровская (в память имп. Александра II Николаевича) церковноприходская богадельня при Воскресенской церкви в селе Устье Кадниковского уезда В 1897 г. при Вологодском епархиальном женском училище учреждено общество вспомоществования нуждающимся воспитанницам училищa, в 1898 г. начало работу общество вспомоществования нуждающимся Устюжского епархиального жен. училищa. Работало Великоустюжское общество взаимного вспомоществования учащимся и учившим в церковных школах Великоустюжского викариатства.