В 1724 г. в Вологде при архиерейском доме начала работу школа для детей священно- и церковнослужителей, закрывшаяся в следующем году. В учрежденной в 1730 г. при архиерейском доме семинарии существовали славяно-российское и славяно-латинское отделения, где в 1739 г, обучались 29 человек. Для повышения уровня преподавания eп. Пимен послал несколько студентов в Московскую академию. В 1751 г. в Вологодской Духовной Семинарии открылся философский класс, в 1778 г. - богословский класс, В 1798 г. построено здание семинарии. Главным источником содержания семинарии с момента её основания были монастырские и церковные хлебные сборы. По штатным окладам 1765 г. Ha содержание Вологодской Духовной Семинарии полагалось 716 р. 93 к. в год. В 1865 г. в семинарии учились 140 воспитанников, в 1900 г. - 523 воспитанника. В начале ХХ в. в семинарии много внимания уделялось полемическому богословию и обличению раскола. В 1861 г. начала работу ученическая библиотека, устроенная пo инициативе учащихся, В 80-х гг. XIX в. при Духовной Семинарии открылась образцовая школа.

В 1788 г. открылась школа в Великом Устюге, преобразованная из Великоустюжской семинарии. Преподавание в ней велосъ на базе семинарских курсов. В 1806 г. школа была преобразована в духовное училищe. В 1813 г. в училищe насчитывалось 247 воспитанников, в 1900 г. - 148 воспитанников. Программа изучалась в 7 основных классах: богословском, философском, риторическом, пиитическом, высшем грамматическом, среднем грамматическом, низшем грамматическом и 3 классах "необязательных": греческом, немецком, французском.

В начале XIX в. в Вологодской епархии начала складываться сеть низших духовных учебных заведений. В 1805 г. по инициативе протоиерея тотемского Богоявленского собора Максима Савинова в Тотьме было открыто уездное училищe, в 1807 г. начало работу первое в Вологодской епархии приходское училищe. Вскоре приходские училищa появились в Вологде (одно открылось в 1807, второе - в 1838), в Верховажском посаде (1810), 3 училищa в Великом Устюге (1810, одно закрылось в 1814), в Вельске (существовало в 1816-1831), в Грязовце (1823), в Никольске (1837), в Красноборске (1847). Приходские мужские училищa были организованы в городах Лальске (1834), Кадникове (1835), Усть-Сысольске (1835). Женские приходские училищa существовали в Кадникове (1838), Грязовце (1840), Яренске (1843), Великом Устюге (1844), в Вологде в 1843 - 1852 гг. при мужском приходском училищe действовала женская приходская школа.

В ходе реформы духовно-учебных заведений в Вологодской епархии были созданы уездные духовные училищa: Вологодское (1814), Тотемское (1815), Никольское (1822), Яренское (1821, в 1871 переведено в Усть-Сысольск), Вельское (существовало в 1822-1879). При eп. Палладии при уездных училищах открылись приготовительные классы. В 1888 г. начало работу Вологодское епархиальное женское училищe (преобразовано из приюта при Горнем женском монастыре), в 1901 г. в нём насчитывалось 236 воспитанниц. В 1893 г. при училищe организована женская одноклассная церковноприходская образцовая школа. В 1888 г. открылось Великоустюжское епархиальное 3-классное женское училище (преобразовано из учебно-воспитательного приюта при Иоанно-Предтеченском монастыре, с 1896 - 6-классное), в 1901 г. в нём обучались 227 воспитанниц. С 1896 г. при училище действовала начальная одноклассная образцовая школа для девочек.

Сеть церковноприходских учебных заведений в епархии начала создаваться в 40-х гг. XIX в., в этот период открылось около 100 церковных училищ и четыре церковноприходские школы. В 1860 г. еп. Христофор издал распоряжение об обязательном открытии при монастырях и приходах училищ и школ для обучения "штатнослужительских» и "поселянских» детей. В нач. 60-х гг. XIX в. были созданы училища при Сямском в честь Рождества Пресвятой Богородицы, Арсениево-Комельском, Спасо-Суморином, Пельшемском, великоустюжских Иоанно-Предтеченском и Николаево-Прилуцком монастырях, 15 школ при приходских храмах. В 1865 г. в епархии действовали 100 училищ и 316 церковноприходских школ, в которых обучались 7546 мальчиков и 1111 девочек.

В 60-х гг. XIX в. сложилась система начальной школы: наряду с церковноприходскими открывались школы грамотности. В 1887 г. в Вологодской епархии действовапи 186 церковноприходских школ, 37 школ грамоты, в 1888 г. - 217 церковноприходских, 25 школ грамоты, в 1892/93 г. - 394 церковноприкодские школы и 201 школа грамоты. В 1885-1894 гг. в Вологодской епархии было открыто около 300 церковноприходских школ, с конца 80-х гг. школы грамоты реорганизовывались в церковноприходские. В 80-90-х гг. по решению Великоустюжского, Сольвычегодского, Яренского земств часть земских школ была передана в ведение епархиального училищного совета.

Для подготовки преподавателей для церковных школ в епархии в 1872-1875 гг. были открыты Тотемская и Череповецкая учительские семинарии, в 1883 г. - Вытегорская учительская семинария. В 1911 - 1912 гг. начали работу Никольская мужская и Великоустюжская женская учительские семинарии. В последнем десятилетии XIX в. в епархии осуществлялась массовая подготовка учителей для начальных классов - создавались церковно-учительские и второклассные училищные школы. С 90-х гг. земство и епархиальный училищный совет проводили педагогические курсы для учителей и учительниц сельских школ. С 1893 г. устраивались одно- и двухгодичные курсы для "лиц, по происхождению и образу жизни близких к народной массе".

Учебные заведения Вологодской епархии находились в ведении епархиальных архиереев, управлявших ими через епархиальные училищные советы и их уездные отделения, также действовала церковно-школьная инспекция. В 1888 г. наблюдение за церковноприходскими школами сев.-вост. уездов Вологодской епархии было передано в ведение Великоустюжского епископа, викария Вологодской епархии.

Первоначально духовные учебные заведения содержались на средства епархии. Во 2-й пол. XIX - нач. ХХ в. значительную часть расходов по содержанию церковноприходских школ брали на себя земские учреждения Вологодской губернии. В 1890 г. Ha содержание церковных школ земства и городские обществава выделили 2199 р. 66 к., духовное ведомство - 765 р. 28 к., Министерство народного просвещения - 577 р., в 1915 г. в смету расходов земств было включено 97 393 р. нa церковные школы.