Архиерейский двор в Вологде назывался Софийским, а служившие епископам бояре, дворяне и дети боярские - софиянами. Они подчинялись тиуну, которого избирали с благословения архиерея на 1 год. Помимо владений кафедры в Вологодском уезде софияне управляли сёлами и деревнями, принадлежавшими вологодскому архиерейскому дому за пределами Вологодской епархии, в частности подмосковными сёлами Городище и Никольское. Вологодским архиереям служили князья Дябринские, дети боярские Патрикеевы, Немцовы, Палицыны, Брянчаниновы, Ефремовы, Болтины, Озеровы, Кудрявцевы, Рагозины, Хомутовы и другие. В некоторых случаях вологодские владычные дети боярские призывались на царскую службу, например в Смутное время.
В XVI в. Вологда стала одним из Важнейших центров торговли хлебом в России, здесь собирали значительные пошлины с русских и иностранных купцов, частично эти средства поступали архиерейскому дому и местным монастырям.